Escribir la historia de la Universidad de Montevideo lleva a retroceder en el tiempo hasta 1986, cuando un grupo de jóvenes profesores de Derecho decidió iniciar actividades académicas de nivel universitario, animadas por la libertad de enseñanza reconocida institucionalmente.

La idea inicial del proyecto consistía en crear un instituto que realizara docencia e investigación sobre la empresa, a través de una aproximación interdisciplinaria, que incluyera el análisis jurídico, económico y de administración. Todo habría de plasmarse en el que hoy es una Facultad de la Universidad de Montevideo (el Instituto de Estudios Empresariales de Montevideo-IEEM).

En la sede de la Bolsa de Comercio de Montevideo, comenzó a dictarse en 1987 un postgrado en Derecho de la Empresa, de un año de duración, en el que participaron los miembros académicos, los fundadores del IEEM y otros destacados profesores nacionales y extranjeros. Este postgrado en Derecho de la Empresa fue un auténtico pionero, y se transformó en el primer programa de postgrado en materia jurídica del Uruguay. El postgrado en Derecho de la Empresa resultó un éxito, y desde sus comienzos los participantes manifestaron su interés en profundizar algunos de los temas tratados. Esto determinó que al año siguiente, además de dictarse el postgrado en Derecho de la Empresa, comenzara un postgrado en Derecho y Técnica Tributaria, también de duración anual.

En 1990, el postgrado en Derecho de la Empresa se transformó en un programa master. Se incorporaron nuevas técnicas docentes como el método del caso, todavía desconocido en el país. Ese mismo año se abrió la oferta educativa al área de la ingeniería con cursos de postgrado en Cálculo Estructural. Al master en Derecho de la Empresa siguió, en 1991, el master en Derecho y Técnica Tributaria.

El programa master en Derecho Administrativo Económico, creado en 1994, fue una respuesta a los requerimientos de los profesionales de la administración pública ante los profundos cambios ocurridos en esta rama del Derecho. Los programas atrajeron a un importante caudal de profesionales que vieron posible realizar en el país estudios que en el pasado sólo podían hacerse en el exterior. Desde su fundación, cientos de abogados, escribanos, contadores, economistas, jueces y fiscales pasaron por las aulas de la institución y completaron sus estudios universitarios con cursos de especialización académica.

En 1992, se organizaron seminarios de administración de empresas y un programa de capacitación de profesores que culminó con el lanzamiento del master en Dirección y Administración de Empresas. Este programa tuvo desde entonces un significativo desarrollo y creciente prestigio en el país. Profesores del Instituto de Estudios Superiores de la Empresa (IESE) de Barcelona, del Instituto de Altos Estudios empresariales (IAE) de Buenos Aires y de la Harvard Business School formaron, junto a profesores del IEEM, el Comité de Asesoramiento Permanente que garantizó el nivel y continuo desarrollo de las actividades académicas. En julio de 1993 los cursos empezaron a dictarse en la sede actual de la escuela de negocios, una casona situada en la calle Lord Ponsonby 2530.

El 11 de agosto de 1995, después de una secular tradición de una única universidad estatal en el país, el Poder Ejecutivo dictó el Decreto Nº 308/995, que creó un marco normativo para la instalación de universidades privadas, estableciendo los requisitos para su autorización y el reconocimiento de nivel universitario de sus carreras. A partir de este decreto, la Asociación Civil Instituto de Estudios Empresariales de Montevideo halló el camino, hasta entonces vedado, para el reconocimiento oficial de su nivel universitario. Para esto, a los programas master, se agregó la Licenciatura en Dirección y Administración de Empresas (1995) con una ambicioso plan de estudios que, para favorecer una profunda unidad intelectual, contemplaba una importante cuota de formación humanística además de las asignaturas específicamente técnicas. Con este mismo formato empezaron en el año 1996 las licenciaturas en Economía y en Humanidades (1996), y el Programa Master en Políticas de la Integración en el MERCOSUR. Después siguieron las carreras de Ingeniería Civil e Industrial (1997), Contador Público (1998), Derecho (1999), Master en Medicina Familiar y Comunitaria (2000), Comunicación (2002) y Telemática (2003). Desde 1996, las carreras de grado se dictan en una casa muy cerca de la escuela de negocios. Paralelamente se fue ampliando el programa de expansión edilicia ya concretado en las sedes de Prudencio de Pena 2440.

El 29 de abril de 1997, la Universidad de Montevideo había obtenido ya la autorización oficial como universidad. A pesar de sus escasos años, la Universidad ha ganado prestigio dentro y fuera del país por la exigencia de su oferta educativa, la calidad y diversidad de su profesorado, sus publicaciones y sus proyectos investigación. Todos los años visitan la Universidad profesores europeos y americanos de singular renombre. En los últimos años la Universidad de Montevideo ha recibido la visita de Gary Becker (Premio Nobel 1992) y Joseph Stiglitz (Premio Nobel 2001).